Obok działalności edukacyjnej i kształcenia wysoko kwalifikowanych specjalistów drugim równie ważnym obszarem działalności Uniwersytetu Morskiego w Gdyni, jest działalność badawcza i badawczo-rozwojowa. Prace badawcze i badawczo-rozwojowe prowadzone na wszystkich czterech wydziałach finansowane są  w ramach programów krajowych przez Narodowe Centrum oraz Narodowe Centrum Badań i Rozwoju. Uniwersytet Morski w Gdyni realizuje również projekty w ramach programów finansowanych przez Unię Europejską, w tym w ramach programu Horyzont 2020. Z subwencji  Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego finansowane są prace badawcze realizowane w ramach projektów zespołowych oraz projektów indywidualnych.

Podejmowanie prac badawczych przyczynia się do rozwoju potencjału naukowego uczelni. Wyniki badań naukowych prezentowane są na krajowych i zagranicznych uczelniach,  a liczne artykuły publikowane w prestiżowych czasopismach naukowych.

Ważnym obszarem aktywności Uniwersytetu Morskiego w Gdyni  jest bliska współpraca z praktyką gospodarczą i realizowanie usług badawczych zlecone przez podmioty z otoczenia społeczno-gospodarczego. Uzyskiwane w Uniwersytecie Morskim w Gdyni wyniki badań stanowią podstawę do sporządzania opinii i ekspertyz, w szczególności dla przedsiębiorstw oraz instytucji rządowych z obszaru gospodarki morskiej. Wymiernym efektem współpracy z praktyką gospodarczą jest komercjalizacja aktywności badawczej, co wpisuje się we współczesne światowe trendy.

Ponadto Uniwersytet Morski w Gdyni jest członkiem platform technologicznych, centrów transferu technologii, centrów innowacji oraz konsorcjów naukowych i naukowo-technologicznych.

Badania prowadzone przez zespoły badawcze Uniwersytety Morskiego można sklasyfikować jako:

• badania podstawowe,
• badania stosowane,
• badania wdrożeniowe,

a tematyka prac naukowo-badawczych prowadzonych w Uniwersytecie Morskim w Gdyni na  poszczególnych wydziałach obejmuje m.in. następujące obszary:

Wydział Nawigacyjny

• Rozwój koncepcji e-Nawigacji w ramach telematyki transportu morskiego w kontekście integracji systemów nawigacyjnych i telekomunikacyjnych,
• Modelowanie bezpieczeństwa żeglugi, niezawodności poszukiwania i ratowania życia na morzu;  zarządzanie bezpieczną eksploatacją statków; tworzenie modelowych instrukcji przewozowych różnych ładunków na statkach morskich,
• Funkcjonowanie morskich systemów transportowych i logistycznych; budowa, eksploatacja, zarządzenie i rozwój systemów portowych,
• Optymalizacja wykorzystania sieciowych metod pomiarowych GNSS czasu rzeczywistego, rozwój systemów elektronicznych map nawigacyjnych,
• Badanie zmian hydro-klimatycznych oraz zmienności warunków pogodowych i hydro-klimatycznych na Bałtyku,

Wydział Mechaniczny

• Diagnostyka maszyn w tym silników Diesla i turbin morskich w oparciu  o współczesne metody nieinwazyjne oceny stanu technicznego silników morskich, takich jak pomiary oraz analizę wykresów wskaźnikowych, pomiar i analiza wibracji, pomiar emisji akustycznej, pomiar i analiza emisji spalin, a termowizyjnej endoskopia wideo,
• Badania w zakresie modelowania okrętowych układów napędowych oraz statyki i dynamiki okrętowych układów przeniesienia mocy
• Badania zmian parametrów fizycznych wody morskiej zanieczyszczonej substancjami ropopochodnymi, poszukiwanie nowych metod wykrywania i identyfikowania zanieczyszczeń olejowych na morzu,
• Badanie właściwości nowoczesnych materiałów stosowanych w okrętownictwie oraz właściwości eksploatacyjnych powłok metalowo-ceramicznych,

Wydział Elektryczny

• Ocena jakości energii  systemu elektroenergetycznego na pokładzie statków  na podstawie pomiaru i analizy wskaźników charakteryzujących jakość energii elektrycznej statku w świetle zasad i wymagań towarzystw klasyfikacyjnych,
• Automatyzacja procesów sterowania ruchem statków, automatyzacji siłowni  i elektrowni okrętowej oraz okrętowych i lądowych elektrycznych zespołów napędowych zbudowanych w oparciu o przekształtniki energoelektroniczne,
• Modelowanie elementów oraz układów elektronicznych, optoelektronicznych i mikrofalowych wraz z  wysokoczęstotliwościowymi aplikacjami teorii pola elektromagnetycznego,

Wydział Przedsiębiorczości i Towaroznawstwa

• Analizy oraz badania systemów oraz rynków transportowych obejmujące zarówno zagadnienia optymalizacji sieci infrastruktury transportowej i obiektów logistycznych, przesłanki oraz efekty zastosowania innowacyjnych rozwiązań dla transportu i mobilności, jak i kształtowania konkurencyjnych rozwiązań w obszarze obsługi logistycznej globalnych przepływów towarowych i pasażerskich ze szczególnym uwzględnieniem sektora żeglugi i portów morskich,
• Techniki analizy, oceny i optymalizacji niezawodności oprogramowania; zastosowania technologii informacyjnych w zakresie wspierania procesów decyzyjnych oraz analizy danych, w tym Big Data; techniki komputerowe w analizie bezpieczeństwa systemów transportu morskiego,
• Techniczne, przyrodnicze i ekonomiczne aspekty oceny, kształtowania i optymalizacji jakości towarów i usług,
• Badania materiałów w aspekcie ochrony środowiska i bezpiecznego transportu morskiego obejmujące: biodegradację materiałów polimerowych w środowiskach naturalnych, bezpieczny transport substancji chemicznych i ładunków masowych drogą morską oraz odzysk materiałów i energii w gospodarce o obiegu zamkniętym,
• Nowoczesne metody i narzędzia zarządzania przedsiębiorstwem obejmujące projektowanie systemów zarządzania procesami innowacyjnymi w MŚP oraz optymalizację wykorzystania zasobów ludzkich w organizacjach; potencjał gospodarki morskiej i jej znaczenie w rozwoju społeczno-ekonomicznym regionów nadmorskich oraz gospodarki krajowej; ocena oddziaływania inwestycji na środowisko oraz modelowanie stochastyczne/statystyczne i prognozowanie stanu zanieczyszczeń powietrza w aglomeracjach miejsko-przemysłowych.

W okresie ostatnich 10 lat Uniwersytet Morski realizował łącznie 72 projekty o wartości ok. € 25 mln., w tym projekty badań podstawowych, badań stosowanych i projekty w ramach badań wdrożeniowych. W tej grupie znalazły się również projekty inwestycyjne, związane z poprawą infrastruktury badawczej, oraz ogólnorozwojowe, związane z podwyższaniem kompetencji zespołów badawczych i dydaktycznych Uniwersytetu Morskiego w Gdyni.

W Uczelni funkcjonuje również ponad 20 kół naukowych, w ramach których studenci realizują projekty badawcze pozwalające na łączenie wiedzy zdobytej w trakcie studiów z umiejętnościami praktycznymi. Przykładem są tu projekty pojazdów elektrycznych realizowane przez studentów Koła Naukowego Pojazdów Elektrycznych.